Les Etats fédérés de Micronésie sont entièrement situés sur les îles Carolines, dans l'océan Pacifique (nord-ouest).
Il y a 5 000 ans (3 000 av. J.-C.), des habitants du littoral de la Chine du Sud, cultivateurs de millet et de riz, commencent à traverser le détroit pour s'installer à Taïwan. Vers 2 000 avant J.-C., des migrations ont lieu de Taiwan vers les Philippines. De nouvelles migrations commencent bientôt des Philippines vers Célèbes et Timor et de là, les autres îles de l'archipel indonésien. Vers 1 500 av. J.-C., un autre mouvement mène des Philippines en Nouvelle-Guinée et au-delà, les îles du Pacifique. Les Austronésiens sont sans doute parmi les premiers navigateurs de l'histoire de l'humanité.
Les ancêtres des actuelles populations s'établirent sur ces îles, il y a 3 000 ans environ. Certains venaient des îles de la Sonde (uniquement les habitants de Yap), la plupart venaient de l'Océanie proche et sont donc des Océaniens, originaires selon toute vraisemblance de l'archipel Bismarck. Les deux populations sont toutes deux de langue austronésienne.
Un système décentralisé, basé sur des chef de clans ou des conseils des anciens, s'est transformé en un empire économique et religieux plus centralisé dont Yap était le centre. Au XVIe siècle, les explorateurs européens, d'abord les Portugais à la recherche des îles aux épices (Indonésie) puis les Espagnols, atteignirent les îles Carolines sur lesquelles l'Espagne établit sa souveraineté après les avoir longtemps délaissées (souveraineté confirmée par le pape Léon XIII seulement en 1885).
Les îles passèrent sous contrôle de l'Allemagne en 1899, puis du Japon en 1914 à la suite de combats contre les troupes allemandes basées dans ces îles, qui reçut, a posteriori, ces îles en mandat de la Société des Nations en 1922. Dans le cadre de la Seconde Guerre mondiale, en 1944, la région fut militairement occupée par les États-Unis qui l'administra ensuite en tant que Territoire sous tutelle des îles du Pacifique selon le mandat de l'ONU reçu en 1947. Ce territoire était divisé en six districts, administrés d'abord par l' US Navy jusqu'au 30 juin 1951 puis par le ministère de l'Intérieur jusqu'au 3 novembre 1986 inclus (même si dès 1981, le haut-commissariat américain a surtout préparé la transition progressive vers l'indépendance).
Dans le cadre de l'administration américaine, il est installé un conseil consultatif des districts administratifs de Palau, Yap, des Mariannes, de Chuuk, de Pohnpei et des Marshall (annoncé en 1949 mais qui ne se réunit régulièrement qu'après 1956). Ce conseil propose la création de ce qui deviendra le Congrès de Micronésie. En 1964, le ministre de l'Intérieur décrète le Secretarial Order No. 2882 qui forme un Congrès bicaméral. Le premier Congrès se réunit le 12 juillet 1965 et adopte sa première loi, le drapeau du territoire (avec six étoiles). Puis en 1975, le Congrès convoque la Convention constitutionnelle, une Constituante à laquelle participent 60 dirigeants élus et traditionnels, Convention qui rédige une Consitution des États fédérés de Micronésie. Le 1er janvier 1977, un 7e district est créé par une loi du Congrès, celui de Kosrae. Le 1er avril 1978, le Commonwealth des îles Mariannes du Nord s'en sépare en choisissant des liens plus serrés avec les États-Unis, alors que les six districts restants optent pour une plus grande autonomie. Le 12 juillet 1978, exactement treize ans après sa première réunion, quatre des six districts ratifient la Constitution de la Convention. Au même moment, les représentants des six districts négocient un accord-cadre (en anglais, compact) de libre-association entre les Micronésiens et les Etats-Unis. À la suite des résultats du référendum, un Secretarial Order No. 3027 du 29 septembre 1978 constate le rejet de la Constitution par les Palaos et les Marshall tandis que les quatre districts centraux l'ont ratifié. Apparaît alors un Congrès intérimaire, constitué à partir du VIIe Congrès, représentant uniquement ces quatre districts. Ce congrès intérimaire reste en place jusqu'à l'élection du Congrès constitutionnel en mars 1979. La séance inaugurale de ce Congrès se déroule le 15 mai 1979 sur le terrain de la Little League à Kolonia (Pohnpei), la nouvelle capitale de la Nation.
En effet, le 10 mai 1979 à 10h20, lorsque le Ier Congrès des FSM réunit ses chambres à Kolonia, quatre districts (sur six) des territoires sous tutelle obtiennent l'autonomie interne et ratifient une nouvelle constitution pour devenir les États fédérés de Micronésie ; les deux districts voisins des Palaos et des îles Marshall choisirent de ne pas participer à cette fédération, comme les Mariannes du Nord un an plus tôt. Le 11 mai 1979, le premier président et le premier vice-président sont élus par le Congrès, ce sont les sénateurs Tosiwo Nakayama (de Chuuk) et Petrus Tun (de Yap). Les nouveaux États fédérés de Micronésie signent alors en 1982 avec les États-Unis un accord-cadre de libre-association (le Compact) qui entra en vigueur le 3 novembre 1986. Après ratification de la fin de la tutelle par le Conseil de sécurité des Nations unies, le 22 décembre 1990, les FSM adhèrent aux Nations unies le 17 septembre 1991.
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