La Papouasie proprement dite (sud-est de l'île) fut administrée par l'Australie à partir de 1906; en 1921, la Société des Nations y ajouta les anciennes colonies allemandes de Nouvelle-Guinée du Nord-Est et l'archipel Bismarck (1884-1914). L'autonomie interne fut accordée au territoire en 1973, et l'indépendance en 1975. La Papouasie revendiqua la partie occidentale de l'île, possession indonésienne sous le nom d'Irian Jaya. En 1988, Rabbie Namaliu, Premier ministre, succéda à Paias Wingti. Privé depuis 1989, de l'île de Bougainville, qui fut longtemps sa principale ressource grâce à l'exploitation de la mine de cuivre de Panguna, le gouvernement décida d'engager des mercenaires, pour lutter contre l'Armée révolutionnaire de Bougainville (BRA), qui revendiquait les terres, majoritairement détenues par une société australienne. À la suite de cette décision, le général Jerry Singirok, commandant des forces de défense, qui avait réclamé la démission du gouvernement, fut révoqué le 17 mars 1997, par le Premier ministre Sir Julius Chan. Les nombreuses manifestations et le désaccord exprimé par l'armée et l'opposition parlementaire, contraignirent ce dernier, à remettre sa démission le 26 mars. Bill Skate lui succéda à la direction du gouvernement. L'année 1999 fut marquée par la chute du gouvernement. En effet, face à l'aggravation de la crise économique et à la multiplication des violences interethniques, les électeurs accordèrent la majorité de leurs voix à Mekere Morauta. Dès son arrivée au pouvoir, le nouveau Premier ministre, qui jouissait de la confiance du gouvernement australien et des principaux notables du pays, s'engagea à tout mettre en œuvre pour redresser l'économie et sortir le pays de l'ornière dans laquelle il se trouvait.